Учет ведется в компоненте Федеральной государственной информационной системы в области ветеринарии "Хорриот", который заработал в 2021 году, однако учет пока был добровольным. Сейчас же маркирование придется провести даже в небольших хозяйствах. С 1 марта предусмотрена административная ответственность за отсутствие маркировки сельскохозяйственных животных.
Согласно ст. 10.6 КоАП РФ по новым правилам пренебрежение обязанностями по идентификации и учету поголовья обернется штрафами: для физических лиц — в сумме до 5000 рублей, для должностных лиц животноводческих предприятий — до 20 тысяч, для юридических лиц — до 20 тысяч рублей или приостановлением деятельности на срок до двух месяцев (60 суток).
Удостовериться в наличии маркировки и учета животных при проведении противоэпизоотических мероприятий и оформлении ВСД при перемещении имеют право государственные ветеринарные службы. 
Инспекторы Россельхознадзора уполномочены выявлять нарушения при проверках и обследованиях хозяйств. 
Отметим, что требования по маркировке ужесточены для профилактики распространения зоонозов и полной прослеживаемости цепочек поставок продукции животноводства. 
Так, крупный рогатый скот, свиней, домашнюю птицу и лошадей обязательно нужно внести в информационную систему до 1 сентября 2024 года, верблюдов, пчел, оленей, пушных зверей, кроликов - до 1 сентября 2025-го, рыбу и служебных животных - до 1 марта 2026 года, а овец и коз - до 1 сентября 2026-го. 
Для ЛПХ сроки по некоторым видам продлили. Учет может быть индивидуальным, например, для коров, и групповым - для пчел, свиней, оленей, рыбы.
Учет позволит отследить все этапы жизни животного и его перемещение, что должно предотвратить распространение заразных болезней и поможет оперативно выявить их источник.
Маркирование позволяет отслеживать любое перемещение поголовья - и через государственную границу, и по стране. Помимо этого оно упростит выдачу ветеринарных сертификатов, ведь данные о каждом животном уже занесены в специальную базу. 
Введение маркирования и учета позволит замкнуть контур системы цифровой прослеживаемости животных и животноводческой продукции от фермы до прилавка.
Этого и добивался Россельхознадзор много лет. На данный момент в компоненте ФГИС "ВетИС" "Хорриот" уже содержатся внесенные на добровольной основе данные о более 4 миллионах индивидуально учтенных животных и свыше 140 тысячах групп, в составе которых крупный и мелкий рогатый скот, птица, свиньи, рыба, пчелы и т.д. 
Животные, прошедшие маркирование до 1 сентября 2023 года, а также животные, маркированные за пределами России и ввезенные на территорию страны, повторному маркированию не подлежат.